La chiesa, fondata nel 1672, era parte della Corte di proprietà della famiglia del fondatore e benefattore della comunità di Martignago, don Pietro Battola. L’interno è ad aula rettangolare con Presbiterio balaustrato. Sulla volta gli affreschi con due fanciulli che si rivolgono al Santo, protetti da due angeli in cielo ed un’Eucarestia circondata da teste d’angelo, opera di I. Giustacchini.

Sulla parete destra in successione: “Ecce homo” tra due soldati romani; S. Antonio abate di fronte al Crocifisso e “Predica ai pesci” del Santo di Padova. Nell’angolo terracotta raffigurante la Vergine con il Bambino, opera di F. Fratti e sulla spalla dell’arco del Presbiterio il ritratto del fondatore don Pietro Battola.

Il Presbiterio è dominato dalla grande Pala d’altare della Vergine con in braccio il Bambino ed i santi Antonio e Pietro, firmata da C. Baciocchi. L’altare settecentesco è in legno, con decorazioni a finto marmo intarsiato, restaurate da don R. Nabacino alla fine degli anni ’50. L’apparato scenico dell’altare è leggermente avanzato dal fondo e dalle due portelle ad arco si poteva accedere al piccolo chiostro dove anticamente si riunivano gli anziani della Comunità. Sul Presbiterio si aprono le porte della Sagrestia e della Torre campanaria, le cui campane furono fuse da G. C. Filiberti nel 1754. Sulle pareti sono collocati gli strappi di affresco raffiguranti la Madonna di Caravaggio ed i due Angeli oranti, provenienti dall’edicola posta di fronte alla Corte Bonzoni nella Contrada di sopra; visibile l’iscrizione: G. Mozzoni,1941. Nel mezzo dei due angeli è posto il tabernacolo murato della Reliquia della Santa Croce. L’altare post-conciliare con “Abramo alla quercia di Mamre” è opera di F.G. Medici, artista originario di Ome, cui si devono anche le “Teste d’angelo” sopra l’acquasantiera alla porta.

Sul lato sinistro, in angolo, la statua lignea del Santo patrono, originariamente posta in una nicchia e nascosta alla vista dei fedeli dalla pala presbiteriale. Per tradizione, ancor persistente, la statua del Santo veniva mostrata e portata in processione lungo le vie della contrada nell’ultima domenica di luglio. Sulla parete dell’aula, posti in successione: “Miracolo dell’asina” che si inginocchia davanti al Sacramento, uno dei più famosi episodi della vita del Santo di Padova; “Visione del Santo di Padova con Maria tra gli angeli” e “Sacra famiglia”.